As configurações do seu servidor Minecraft podem ser facilmente alteradas ao selecionar sua Instance (instância) e clicar em Manage (gerenciar):

Depois, selecione Configuration (configuração):

Nessa tela você será capaz de alterar configurações como:
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Dificuldade
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Modo do Jogo
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Criação de Monstros
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Criação de NPC
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Tipo de Servidor (Oficial, CraftBukkit, Spigot, Paper, Forge, e muitos outros)

OBSERVAÇÕES:
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Não se esqueça de reiniciar seu servidor após fazer todas as alterações!